למערכת העיכול יש תפקיד קליטת מזון, פירוק לגורמי גורמים עד לרמות בסיסיות , ספיגת חומרים ומרכיבים הדרושים לגוף , שומנים , סוכרים , מלחים ולהפריש את הפסולת. בעת מתן טיפולים במערכת העיכול יש להבחין בין טיפול מערכת העיכול העליונה, הכוללת את הפה, הלוע, הוושט והקיבה לבין מערכת העיכול התחתונה, הכוללת את המעי הדק והמעי הגס .